คณะรักษาความสงบแห่งชาติได้มีคำสั่งที่ 9/2557 เรื่องมาตรการป้องกันและ แก้ไขปัญหาการทุจริตประพฤติมิชอบ ลงวันที่ 18 มิถุนายน 2557 ให้ทุกส่วนราชการและหน่วยงานของรัฐกำหนดมาตรการหรือแนวทางการป้องกันและแก้ไขปัญหาการทุจริตประพฤติมิชอบในหน่วยงาน โดยมุ่งการสร้างธรรมาภิบาลในการบริหารงาน และส่งเสริมการมีส่วนร่วมจากทุกภาคส่วนในการตรวจสอบ เฝ้าระวัง เพื่อสกัดกั้นมิให้เกิดการทุจริตประพฤติมิชอบ รัฐบาลได้เห็นถึงความสำคัญของการแก้ไขปัญหาการทุจริต ซึ่งได้กำหนดเป็นวาระแห่งชาติ โดยรัฐบาลได้เสริมสร้างกลไกขับเคลื่อนในการป้องกันและแก้ไขปัญหาการทุจริต ขึ้นมา 3 ระดับคือ คณะกรรมการต่อต้านการทุจริตแห่งชาติ เป็นกลไกระดับนโยบาย มีนายกรัฐมนตรี/หัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติเป็นประธานกรรมการจัดตั้งศูนย์อานวยการต่อต้านการทุจริตแห่งชาติให้เป็นกลไกขับเคลื่อนภาพรวมประดับประเทศและกลไกระดับปฏิบัติการโดยการออกมาตรการเพิ่มประสิทธิภาพศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริต ซึ่งประจำอยู่ทุกส่วนราชการระดับกระทรวง หรือเทียบเท่า ปัจจุบันมีจานวน 35 ศูนย์ ให้เป็นกลไกประสานงาน กำกับ ติดตาม และรายงานผลการดำเนินงานที่เกี่ยวข้องกับนโยบาย ข้อสั่งการ ในการป้องกันและแก้ไขปัญหาการทุจริต กับหน่วยงานภายใต้กำกับทั้งหมด ซึ่งได้แก่หน่วยงานส่วนกลาง ส่วนภูมิภาค ส่วนท้องถิ่น รวมทั้ง รัฐวิสาหกิจ และองค์การมหาชน โดยมีสำนักงานคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตในภาครัฐ เป็นกลไกขับเคลื่อนประสาน กำกับ ติดตามผลการปฏิบัติงานของศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริต ในฐานะที่สำนักงาน ป.ป.ท. เป็นฝ่ายเลขานุการของคณะกรรมการต่อต้านการทุจริตแห่งชาติ
ศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริต มีบทบาท ภารกิจ อำนาจหน้าที่ ด้านการป้องกันและปราบปรามการทุจริตและประพฤติมิชอบ และด้านคุ้มครองจริยธรรม